＞ポータルページを自作し、そこに各ページのリンクを設置する方法が一般的なのでしょうか？
そうですね。「ポータル」という名前のサイトを作って、そこにリンクを置くとよいのでは。
あるいは、前述の「サイト」画面にリンクを設定して配置するかでしょうか。
サイトコレクションの数がよほど多くない限り、後者がお勧めです。
＞テンプレートを使用して作成していますが、自作のページを設置する事は出来るのでしょうか
自作のサイトをテンプレート化して利用することは、製品的には可能なのですが、残念ながら
Office 365では利用できないようです。
ただ、サイトコレクション内で、サイトの配下に更にサイトを作成する際には、自分のテンプレート
を登録してりようすることはできます