メッセージから判断すると、SkyDrive Pro クライアントをご利用でしょうか？
SkyDrive Pro クライアントの同期では、下記の通りアイテム数の制限があるようです。
- SkyDrive Pro ライブラリの場合、20,000 アイテム
- SharePoint ドキュメントライブラリの場合、5,000 アイテム
ここでの「アイテム数」とは「フォルダとファイルの総数」です。
ご確認されてみてはいかがでしょうか？
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フォーラムの投稿: RＥ: ライブラリーが大きすぎるために同期できない
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