一般的にはExchangeのアンインストールによりオンプレミスのAD上のExchange関連の拡張属性がクリアされ、それがOffice365側に同期されることによりGAL非表示の設定などがクリアされるということが問題点と言われています。
この為、事前にAD情報を待避させておいて必要な情報を書き戻すという処理が手動で実施しないといけないケースがございます。これはハイブリッドサーバが2010の時も2013の時も同様です。
この辺りが参考になるかと思います。
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