こちらへの投稿はまだのようですが、先ほどサポートから電話にて回答をもらいました。
そのうちここにも正式回答がMSさんから入ると思います。
結論は、genkiw様ご指摘の通り、EOPライセンスが必要、とのことのようです。
移行しないユーザーの分もOffice365アカウントを作成してEOPライセンスを割り当てないとライセンス違反になると。
まだその設定をしていないのにライセンス違反とかきつい言葉を使われても困るんですけども、とにかくEOPを経由する以上は必要だということらしいです。
結果、段階的に移行する場合でも料金面では一斉移行と同じになるので、費用を抑えつつ徐々に365に移行するということはできない、ということです。弊社にとってはOffice365移行の高いハードルを提示された形です。
仕方がないので技術者を含めた全社員のOffice365移行は断念し、技術社員は別ドメインにメールを移行して、必要な最低限度のユーザーだけOffice365を利用することにします。