現在有効になっているゾーンファイルは、Office365のドメイン確認の際に txt レコードだけ追加した時のものでしょうか？
すでに何度も確認されているとは思いますが、
ここは初心に戻って、前回正常にアップロード出来たファイルを、シリアル値だけ変更してあげ直してみてはいかがでしょうか
「手順は間違ってない」という自信を持つことは大事だと思います（なんか精神論みたいになってすみません）
そこから影響が少ない、CNAMEの追加->Lync関連の追加->最後にMXレコードの追加 という順番に少しずつアップロードすることをおすすめします